睾丸是主要的生殖器官，通过被称为精子发生的过程产生精子细胞。男性生殖系统的腺体产生精子和精液。前列腺、精囊和尿道球腺产生携带并保护精子的精液。在性交过程中，精液通过一系列管道运动，将精液直接送到女性生殖系统中。
睾丸是男性的性腺，位于阴茎下方被称为阴囊的一个囊中。它们长4-5厘米，直径2.5厘米，并覆盖有两层膜：白膜和鞘膜。睾丸产生精子（男性生殖细胞）以及睾酮和其他性激素。精子的产生过程是持续的，并发生在每个睾丸的大量小叶里。首先，被称作生精小管的结构产生干细胞。这些细胞（精原细胞）分裂为精母细胞，然后进一步分裂，成为精子细胞。这个过程被称为精子发生。精子细胞从睾丸移到附睾并成熟为精子。
附睾、输精管、射精管和尿道形成了一个由四部分组成的输送系统。附睾在每个睾丸的正上方。来自睾丸的精子在通过附睾卷曲的管道移动的过程中成熟。在性交和射精过程中，它们被排入输精管。输精管推动精子在膀胱上方通过，再向下推向前列腺。输精管在这里与精囊（附属生殖腺）的末端相连，形成射精管。射精管接收来自精囊的精液，穿过前列腺，然后将精液移入尿道。男性尿道从膀胱延伸通过前列腺通向阴茎末端的尿道外口。在将精液排出体外之前，会从前列腺接受额外的一部分精液。
精子细胞依赖精液保持其活动和存活。这种液体在射精过程中产生自附属腺体：精囊、前列腺和尿道球腺。精囊为两个囊状结构，紧靠膀胱后方并向膀胱延伸。它们在那里各与输精管相连以形成射精管。精囊分泌一种灰白-略带黄色的液体，其包含糖、前列腺素和其他物质，占精液体积的三分之二。前列腺位于膀胱下方和阴茎起点上方，包含射精管和前列腺部尿道。精液进入尿道时，前列腺会分泌有助于激活精子的酶。尿道球腺（或考伯氏腺）为豌豆大小，具有连接至尿道的导管，位置在尿道部前列腺出现的地方。这些腺体会增加有助于精子运动的粘液。
阴茎是男性外生殖器的一部分，在耻骨弓的前部和侧部从身体垂下。在内部，阴茎包含3个相连的组织柱。成对的阴茎海绵体从阴茎根部一直延伸至阴茎体。尿道海绵体沿着阴茎海绵体的下方走行。它包含海绵质尿道并延伸经过阴茎体形成龟头（末端）。阴茎海绵体和尿道海绵体的组织均是海绵质结构。在性兴奋和性交时，组织中的空间充血。阴茎变硬。现在，它可以插入阴道，直接将精液输送至女性生殖系统。
